Em recente estudo realizado pelo ZEE (Zoneamento Ecológico Econômico do Estado) foram identificadas 34 bacias hidrográficas no Amapá, das quais 21 deságuam no rio Amazonas e 13 no Oceano Atlântico. Na região sul do estado, que forma a área Prioritária I, há uma rede básica de monitoramento que atende a sete das nove bacias existentes, fornecendo informações a respeito da qualidade de água dessa região.
No interesse de expandir essa rede de monitoramento, a Divisão de Recursos Hídricos da Secretaria de Meio Ambiente está desenvolvendo o projeto "Diagnóstico Preliminar das Bacias Hidrográficas do Estado do Amapá", com o objetivo de identificar as atividades potencialmente poluidoras localizadas às margens dos principais rios e afluentes, e ainda, levantando dados a respeito do uso do solo e realidade sócio-econômica de 17 bacias da região centro-norte do Estado. Nos trabalhos de campo, são utilizados GPSs para georreferenciar as atividades e comunidades localizadas ao longo dos rios.
A complementação dessas informações está sendo realizada por meio de pesquisas bibliográficas e cartográficas, a fim de se ter uma visão geral do uso e situação ambiental das bacias em questão.