En esta nueva versión, el análisis hidrológico ofrece muchas funciones para el análisis de cuencas, llenado, acumulación, dirección y largo del flujo, canales de drenado, orden de los canales de la cuenta, entre otros. Los usuarios pueden componer estos dados y análisis en varios formatos.
El SuperGIS Spatial Analyst 3.0 exige que se tenga al software SuperGIS Desktop 3.1 instalado. En breve serán lanzadas nuevas extensiones.